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En 1969, alors que le Japon est en pleine croissance économique, on découvre que le pays est menacé par des extra-terrestres, infiltrés parmi la population depuis la fin de la guerre. AEGIS (Alien Exterminating Global Intercept System), une organisation secrète aux ramifications mondiales, est alors chargée de lutter contre ces envahisseurs. Pour cela ils emploient des "Gate Keepers", individus possédant un pouvoir psychique permettant d'ouvrir des portails inter-dimensionnels pour y puiser une énergie considérable.

Le lycée Tategami, à Tokyo, sert de couverture au quartier général japonais d'AEGIS. Son proviseur est en réalité le commandant de la division japonaise d'AEGIS. Les jeunes Gate Keepers qui sont recrutés, sont transférés dans ce lycée. Cela permet d'assurer la discrétion en les faisant passer pour des élèves normaux, tout en leur permettant d'être opérationnels rapidement en cas d'attaque des envahisseurs.

Le héros de la série est un jeune lycéen japonais, passionné de kendo, qui vit avec sa mère et sa sœur. Il a une certaine rancœur envers son père, mort dans un accident de la route, qu'il considère comme un égoïste qui s'est toujours plus préoccupé de son travail que de sa famille. Il découvre son pouvoir de Gate Keeper le jour où une attaque des envahisseurs menace sa maison et sa famille. C'est à cette occasion qu'il retrouve Ruriko Ikusawa, son amie d'enfance, et qu'il découvre l'AEGIS qui le recrute. Shun contrôle le portail du vent, qui lui permet, combiné avec ses talents de kendōka, de lancer des attaques comme l'« attaque ultra-tornade » ou le « missile du vide ».

Ruriko est la seule Gate Keeper connue au Japon au début de l'anime. Elle contrôle le portail de la vie, qui lui permet de soigner les blessures physiques. Elle était autrefois la voisine et la camarade de classe de Shun, dont elle était secrètement amoureuse, avant que celui-ci ne déménage suite à la mort de son père. Elle garde de cette époque le mauvais souvenir de son surnom « Ruri la morveuse » (« Rurippe » dans la version originale, en référence à son nez qui coulait tout le temps) dont l'affublaient tous ses camarades ... y compris Shun. Elle est aujourd'hui une élève modèle et populaire au lycée Tategami, et ne supporte pas que Shun lui rappelle la mauvaise époque en la surnommant « Ruri » en public. Au combat, en plus de ses talents de guérisseuse, elle utilise un arc pour lancer des flèches chargées d'énergie. À la fin de la série, elle sera enlevée par Reiji, qui tentera de corrompre son portail de la vie pour le transformer en portail du carnage, mais elle reviendra du bon côté en découvrant que son amour pour Shun est réciproque.

Une jeune sportive qui rêvait de participer un jour aux Jeux Olympiques. Malheureusement, à cause de l'éveil de son pouvoir de portail, qui permet d'augmenter monstrueusement ses possibilités physiques, elle fut renvoyée de son équipe d'athlétisme, soupçonnée de triche. Encouragée par Shun, elle rejoint l'AEGIS pour enfin avoir la possibilité d'utiliser des capacités au maximum ... et pour tenter de séduire Shun dont elle est tombée amoureuse. Ses techniques de combat sont le « Kaoru kick » et le « Kaoru punch » : des coups de poing ou des coups de pied donnés avec une force démesurée. Sa force et sa vitesse lui permettent également de transporter de lourdes charges rapidement, par exemple pour apporter un amplificateur de portail sur le lieu d'un combat.

Membre de la branche chinoise d'AEGIS, elle viendra au Japon en raison de la forte activité des envahisseurs, et choisira d'y rester. Elle a pour compagnon un petit singe nommé Ukiya (ce qui bien sûr ne manquera pas de provoquer quelques quiproquo avec Shun Ukiya). Elle maîtrise le portail du feu, qui lui permet d'invoquer le « dragon de feu paralysant » et le « panda furie boule-de-feu ».